在這50年間，現代醫學的一些知識和方法開始傳入中國，并挽救了很多中國人的生命。例如1910年在東北地區爆發的鼠疫，流行初期以極為迅猛的速度在東三省傳播。畢業于劍橋大學醫學院的馬來西亞華裔伍連德受命承擔了控制疫情的任務，曾在巴斯德研究所學習過細菌傳染病知識的伍連德運用了現代醫學的方法，采取火化尸體、大面積環境消毒、隔離患者等有效措施，切斷了傳染途徑，在短時間內迅速遏制了這場無比兇險的疫情。

　　天花在中國的防治是一個慘痛的教訓，充分暴露了打著傳統和國粹旗號的中醫界對中國人民犯下的滔天罪惡，也揭示了政府失策給百姓帶來的巨大災難。18世紀末英國醫生琴納發明了牛痘法預防天花，于19世紀初開始逐漸推廣并取得了令人震驚的效果，天花疫情每年大幅度減弱，如瑞典自引入牛痘法后20年間死于天花的人數從年1.5萬降至11人，歐洲各國因天花死亡的人數均呈急劇下降的趨勢。1805年牛痘法自澳門傳入中國內地，顯示出極佳的效果并逐漸受到人們的認可。

　　然而勢力強大的中醫界面對牛痘的奇效不是接納和推廣，而是搞出了一套類似于“中西醫結合”的歪理。《引種牛痘方書》云：牛痘“蓋牛之物，其性屬土，其氣厚。”、《引種牛痘法》云：“牛在畜屬土，在卦屬坤，土緩而和，其性順也，啖百草能解諸毒，非如人飲食之患，七情之火。”、《引種保嬰牛痘方書》曰：“種痘之法，首在認穴”，認為牛痘應從穴位而入，沿經絡引胎毒外出。直至1935年出版的《痘科學》，仍然堅持小兒出生后服用延生方、兔紅丸、太極丸等中藥去胎毒。

　　牛痘法簡單易行、百試百驗，砸了當時相當一部分人的飯碗，如把脈開方、種人痘、治瘢痕、藥鋪等等利益群體。中醫界清楚地認識到中醫理論是其生存的基礎，堅持宣揚天花源自胎毒，頑固地以陰陽五行等歪理加以胡亂解釋，宣稱牛痘法不過是將胎毒引出而已。部分中醫藥從業者極力毀謗牛痘法，恐嚇民眾，甚至故意散布種牛痘必然重出天花的謊言，導致大量愚昧民眾放棄種牛痘從而染上天花死亡。中醫對現代醫學的肆意曲解和造謠，嚴重遲滯了牛痘法的推廣。