首當其沖的罪魁是傳染病，以鼠疫(黑死病)為例，1911～1929年間，全國各地的鼠疫流行幾乎沒有間斷過，死亡率極高，流行高峰期屢屢出現全家死絕、全村死光的慘況。中醫面對鼠疫這種烈性傳染病毫無辦法，既沒有理論上的病因解釋也沒有能夠產生療效的藥物，甚至連預防的基本知識都不清楚。

　　天花也是一種烈性傳染病，爆發次數多、傳播范圍廣。天花歷來是令中國人無法擺脫的夢魘，從百姓到帝王均難以幸免。雖然中國人發現了人痘預防天花的方法，但并沒有抑制住天花。因為人痘法常常引起強烈的人為發病和死亡，與感染天花的結果幾乎相同，在預防意義上弊大于利，沒有多少人愿意冒生命危險去預防未必能感染的疾病。人痘預防是人們在實踐中觀察得到的經驗，更接近現代免疫學的思路，與中醫理論毫無關系，中醫歷來認為天花病因在于胎毒。民間曾流傳“生兒只算生一半，出了天花才算全”的諺語，可見天花危害之猛烈和中醫之無能。

　　霍亂在中國直到50年代仍是危害性極大的傳染病，霍亂是由病菌引起、由不潔飲食傳染的急性腸道傳染病。患者劇烈腹瀉、脫水甚至死亡，其發病快、傳播廣、致死率很高。霍亂在歷史上多次爆發大流行，往往造成上千萬人的死亡。此外還有結核、麻風等慢性傳染病，雖然沒有急性傳染病那樣發展迅速，但患者人數眾多，流行范圍很廣。結核病以慢性消耗的方式使人體質虛弱，多種器官受損，死亡率相當高。30 年代，全國4 億人口中有結核病患者2700 萬，每年有上百萬人死于結核病。寄生蟲病也是廣泛流傳的疾病，中醫向來也沒有真正認識清楚。以在中國廣為流行的血吸蟲病為例，中醫僅僅注意到和水有關，誤以為是水中有毒，稱為水毒病或溪病。

　　中醫早認為疾病的原因是上天示罰、鬼神作祟，在治療上采用了祈禱、祭祀和詛咒等方法。直至20世紀前期，中國民間還普遍認為疾病是因為觸怒了上天和神靈，導致瘟神降臨的結果，放鞭炮祛除邪氣、醋熏法驅避瘟神、舉辦迎神賽會祈求神靈庇護等諸多風俗流行甚廣。當然這些方法從來就沒有取得效果。

　　此后中醫又提出了“六氣致病說”，即陰、陽、風、雨、晦、明，把病因歸結為六種氣候的變化。再其后又有“惡毒之氣”、“毒病之氣”、“癘氣”、“乖戾之氣”、“雜氣”等諸多離不開“氣”的解釋。中醫始終沒有認識到微生物，不知道病原體、傳染源和傳染途徑。陪伴了中國人2000年的中醫，在治療和預防傳染病及寄生蟲病方面完全處于束手無策的狀態。