2歲寶寶發燒39℃，首先要在醫生指導下進行處理。一是藥物治療，二是物理降溫，且降溫過程中需密切觀察孩子情況。

一、藥物治療：

1.對于發燒39℃的寶寶，可口服退燒藥來控制體溫，如布洛芬或乙酰氨基酚，也可將退熱栓塞入肛門進行治療。

(1)若用退燒藥后溫度明顯下降，且不反復發燒，體溫基本得到控制。

(2)若退燒藥后體溫下降不明顯或總是反復發燒，則需前往醫院檢查，明確病因后進行針對性治療。

二、物理降溫：

1.可給孩子進行溫水浴來幫助散熱。

2.用溫水擦拭額頭、腋下等部位降低寶寶體溫。

3.讓孩子多喝水，促進身體代謝，通過排尿幫助降溫，但要注意保暖，避免著涼加重病情。

總之，對于2歲寶寶發燒39℃的情況，要及時采取有效的措施來降溫，并根據具體情況進行相應處理和觀察。