先天性膽總管囊腫是一種先天性疾病，其確切的病因尚不完全清楚，但目前認為可能與膽管發育異常、膽道梗阻、病毒感染、遺傳等因素有關。

1.膽管發育異常

在胚胎發育過程中，膽管應該逐步發育并與腸道連接。如果膽管發育過程中出現異常，就可能導致膽總管囊腫的形成。

2.膽道梗阻

膽道梗阻是先天性膽總管囊腫的一個重要原因。膽汁不能正常排出，積聚在膽總管內，導致囊腫的形成。

3.病毒感染

某些病毒感染可能與先天性膽總管囊腫的發生有關。這些病毒感染可能影響胚胎時期膽管的發育。

4.遺傳

先天性膽總管囊腫也可能與遺傳因素有關。某些基因突變或家族性疾病可能增加患上該病的風險。