對于肝內膽管結石的處理還需要根據結石的大小所處膽管的位置，周圍有無相應的病變以及患者的臨床癥狀而綜合考慮。如果肝內膽管結石較小，沒有引起膽管的狹窄和膽管的擴張，周圍肝組織也是正常的。

這種情況可以給予定期彩超隨訪觀察，無需處理。如果肝內膽管結石反復引起膽管炎，臨床上出現右上腹疼痛、寒戰高熱甚至黃疸，進一步檢查可以見相應膽管的狹窄和遠端膽管的擴張，相應所屬肝組織的萎縮，這種情況下還應當考慮積極的手術治療。

如果出現膽道的狹窄和肝臟的萎縮還是建議行手術切除病灶，首選腹腔鏡下手術切除。而對于單純的膽管擴張合并肝內膽管結石，可以通過經脾肝穿刺，膽道鏡取石的方法來達到治療的目的。

對于肝內膽管結石反復發作疑似有膽以及肝臟癌變的患者，還應當做手術性根治性的切除。