由正常逐漸變成為閉鎖性膽道，可能是某些后天因素所致。這些原因包括肝臟炎癥，包括膽道，新生兒肝炎，可能發展成膽道閉鎖。有一些與遺傳、環境等因素有關的刺激因素，也會使兒童發生膽道閉鎖。懷孕期間母親的感染也有可能通過胎盤和血液傳染給胎兒。也可能導致胎兒膽道病變，從而發展為膽道閉鎖。

先天性膽道閉鎖是指出生時引起的病理性黃疸，檢查時為膽道閉鎖。其實質是膽道空化過程中存在障礙物，使原來的空化管仍然是實心的，導致膽汁不能排出而阻塞性黃疸。目前主要認為是先天性發育不良，是基因水平上的變異。膽道閉鎖常合并其他畸形，特別是血管畸形。也有人認為可能是胚胎發育過程中的感染，如細菌、病毒等，反復導致膽管炎，繼而導致膽管狹窄，最終導致閉鎖。