大拇指指甲凹凸不平有很多原因，如局部的外傷，可以一過性的損傷甲床，因此形成指甲的不平。此外如是缺乏微量元素，缺乏必要的營養成分尤其是蛋白質，嚴重消耗性的疾病，如嚴重的肝病、糖尿病等，也可以造成指甲凹凸不平。或者是疾病，比如銀屑病病人會表現出指甲的凹陷性的特征的小坑；指甲感染真菌后，根據真菌侵犯指甲的部位，也可以形成這種指甲的改變。一不明顯的指甲凹凸不平，也見于特殊行業，接觸一些特殊的化學物質等。有的也發生于正常人。