不能做磁共振的人群包括精神異常、幽閉癥、昏迷及神志不清的患者。還有身體內裝有心臟起搏器、心臟支架的患者也不能做磁共振，也不要進入磁場環境。另外，妊娠未滿3個月的孕婦也不能做磁共振，會影響胎兒的生長發育。

核磁共振的檢查范圍是比較廣泛的。在實際工作中，除了胸部的檢查應用比較少，其它部位都在不同程度的應用，有些疾病必須磁共振才能檢查的清楚，有些疾病其它的影像學檢查也可以。比如中樞神經系統腫瘤、椎管內腫瘤、四肢關節軟骨、半月板、韌帶、肌腱的病變、早期股骨頭壞死、強直性脊柱炎、超急性期腦梗塞都需要磁共振明確診斷。但是磁共振有檢查禁忌癥，有安裝心臟起搏器患者禁忌檢查。