少見的并發癥包括食管縱隔瘺，隧道內感染，術后出血等等，但是只要確實保護好粘膜層的完整，隧道入口封閉可靠，隧道內血管凝固充分，這些并發癥幾乎不會出現。
三種治療方法比較優缺點很明顯，患者在術前要充分了解，并在醫生分析幫助下選擇。
發現可疑癌變的粘膜病變
我國是消化道癌的高發國家，與發達國家相比，主要問題是早期發現的癌前病變和早癌比較少，進展期的癌所占比例較高。癌癥的治愈與發現的早晚密切相關，越早發現越早治療效果越好，早發現早治療的癌癥是完全可以治愈的。
消化道早癌的發現依賴于內鏡檢查。需要有經驗的內鏡醫生應用高清晰才能更多發現早期粘膜病變，并借助于染色放大觀察技術、超聲內鏡技術來評估病變，通過精確活檢確定病變性質。對不同性質、不同大小、不同深度病變采取不同的治療方法。
一旦發現了消化道粘膜高級別瘤變或分化良好的粘膜內癌，盡量咨詢有消化內鏡治療經驗的醫生，探討是否有內鏡下微創切除的可能，不要在恐癌心理作用下首先接受外科手術治療。有經驗的內鏡醫生對粘膜病變的識別能力好，不但能發現病變，而且能識別病變，活檢的準確度高。
粘膜病變的內鏡治療方法主要有粘膜大塊切除術(EMR)、粘膜下剝離術(ESD)，二種治療方法的根本區別在于EMR對于面積較大的病變只能分塊切除，術后殘留復發比率相對高些，并且術后病理診斷信息有限。ESD可以完整切除病變粘膜，獲得準確的術后病理診斷，指導我們采取正確的后續治療方法。
對于適合內鏡下治療的粘膜病變術前會通過染色、放大等手段精確評估，在保證完整切除的前提下提高治愈性切除的比率，只有這樣患者才能真正獲益。
需要明確的使內鏡下粘膜切除是一種治療方法也是一種診斷方法，對于適應癥范圍內的病變可以治愈，對于術后病理診斷為超出適應癥范圍的病變需要進一步外科手術或補充放化療。
胃腸道疾病在形成之前或在被明確診斷之前,常常就已經有了某些不適反應甚至是典型癥狀。然而由于其常見和多發，往往容易被忽視，直到病情嚴重到不能再拖下去的時候，才前去就醫。為了便于早期發現和診斷胃腸病，現將胃腸病的早期信號列舉如下，以便參考對照，自我檢查，早期發現，早作治療。
噯氣、呃逆
噯氣與呃逆是不同的。噯氣聲音“嗝---嗝---”作響，沉悶而悠長，間隔時間也較長，是氣從胃中上逆;而呃逆聲音“呃、呃、呃”作響，尖銳而急促，氣從喉間發出，同時伴有軀干震動和聳肩。噯氣和呃逆，都是各種消化道疾病的常見癥狀，尤其是慢性胃炎、消化。
惡心、嘔吐
惡心、嘔吐常見于急性慢性胃炎、消化性潰瘍、幽門梗阻等疾病。需行胃鏡、肝膽B超檢查，必要時還應該抽血檢查電解質、肝功能、腎功能等。
腹脹、腹痛
腹脹是胃腸道積氣，常可伴有噯氣、排氣過多、惡心等癥狀，可由多種原因引發，胃腸道炎癥、消化性潰瘍等均可引起腹脹。腹痛原因多端，表現復雜，胃腸道疾病中急性胃腸炎多表現為急性腹痛;慢性胃炎、消化性潰瘍、潰瘍性結腸炎等多為慢性腹痛。如出現了腹賬、腹痛，應該在醫生的建議下，選擇電子胃鏡、結腸鏡及B超檢查，特別是急性腹痛更應該及時就診，以便排除急腹癥。
