薜己《內科摘要》中醫史上第一本以內科命名的醫籍。

　　《正體類要》記載正骨手法19種及外科方劑等，論述簡明實用。

　　1549江氏父子《名醫類案》載錄了歷代名醫治案。是中國第一部以疾病種類編纂的大型醫案專著，不僅對歷代臨床醫家有指導作用，對醫案學發展亦有重要的意義。

　　1550沈之問《解圍元藪》早的麻風病專書。

　　1554薜己《癘瘍機要》麻風病專書，有關辨證論治，方藥及驗案介紹。

　　1556徐春甫《古今醫統大全》輯錄230余部醫籍，并將其他文獻中有關醫學內容也加入編纂而成。

　　1564李時珍《瀕湖脈學》豐富了中醫脈學內容

　　1567 人痘接種法見于記載，之后廣泛流傳，并傳入歐洲多國。

　　1575李梴《醫學入門》醫學啟蒙與入門專著，附有醫德專述。

　　1578李時珍《本草綱目》總結了16世紀前的中草藥經驗與知識。

　　1584吳昆《醫方考》扼要論述有關方劑之命名、藥味組成、方義、功效、適應證、加減應用、禁忌。是明代的方劑學著作。

　　1586馬蒔《黃帝內經素問靈樞注證發微》將《素問》《靈樞》重新分卷加以注釋，也是《靈樞》的早全注本。

　　1589方有執《傷寒論條辨》將《傷寒論》原文詳加考訂注釋。

　　1591高濂《遵生八箋》有關養生保健的論述。

　　1601楊繼洲《針灸大成》介紹了綜合針灸與藥物治療的經驗，是明代重要的針灸專書。

　　1602王肯堂《證治準繩》包括雜病、類方、傷寒、瘍瘡、幼科、女科共六科診治法則，又稱《六科準繩》。

　　1604龔云林《小兒推拿秘旨》總結了前人有關小兒按摩療法及成就，并加入作者經驗。

　　1615龔延賢《壽世保元》述內、外、婦、兒各科病證的診斷及綜合療法。

　　1617陳實功《外科正宗》主張對外科疾病調理脾胃，并對多項手術及癌腫有精確描述。

　　1620武之望《濟陰綱目》以經、帶、胎、產諸病分列綱目編撰，便于婦科臨證應用。

　　1622繆希雍《炮炙大法》對學習、研究中藥炮制法，及用藥注意事項均有重要參考價值。

　　1624張介賓《類經》根據性質將《內經》原文再分類，并予以注解，很有參考價值。