遺傳因素
如果父母雙方都患有復發性口腔潰瘍的時候，子女有百分之八十到百分之九十的幾率患病。如果是雙親中的其中一個患有該病，那么其子女患病的幾率為百分之五十到六十。
其他因素
如缺乏微量元素鋅、鐵，缺乏葉酸、維生素B12以及營養不良等，可降低免疫功能，增加復發性口腔潰瘍發病的可能性。病毒可能是口腔潰瘍的始動因子，但目前尚未在患者血清中查出相關抗體，亦未見從口腔潰瘍病損組織中分離出病毒的報道。
細菌對口腔潰瘍的作用已提出了多年，與口腔潰瘍關系密切的細菌有血鏈球菌及幽門螺桿菌。體內超氧自由基的生成和清除率不平衡、血栓素B2和6酮前列腺素比例失調及總體水平下降可引發口腔潰瘍。微循環障礙致血流速度慢，血液流量低，毛細血管靜脈端管徑擴張，造成局部缺血、缺氧從而引起黏膜膜損傷，潰瘍形成。血清中缺鋅、缺鐵、高銅等與RAU的發生有一定相關性。有報道稱戒煙亦可誘發口腔潰瘍。牙膏中的成分12-烷硫酸鈉(SLS)可能刺激黏膜，誘發口腔潰瘍。
中醫病因機制
祖國醫學界早已對舌頭潰瘍有記載。按照中醫的理論體系，舌頭潰瘍有以下幾種病因
一是外感六淫
主要是燥、火兩邪，燥邪干澀，易傷津液，火為陽邪，其性炎上，津傷火灼，口瘡乃發。故口瘡多在秋季及氣候突變時容易復發。
二是飲食不節
由于過食辛辣肥厚之品或偏食，致火熱內生，循經上攻，熏蒸口舌，并常耗傷心肺腎之陰津，致口瘡發生。
三是情志過極
患者素日思慮過度，心煩不寐，五志郁而化火，心火亢盛，上炎熏灼口舌，或心火下移于小腸，循經上攻于口，均可致口舌生瘡;或平素多有郁怒，肝郁氣滯，肝氣不疏，郁而化火，暗耗陰血，致沖任經脈不調，經行之時，經氣郁遏更甚，肝火旺盛，上灼口舌而致口瘡。
四是素體陰虧
患者素體陰液不足，或久病陰損，虛火內生，灼傷口舌，乃至口舌生瘡。五是勞倦內傷，或久病傷脾，脾氣虛損，水濕不運，上漬口舌，而致口瘡;或郁久化熱，濕熱上蒸，亦可致口瘡。更有甚者，脾氣虛極，傷及脾陽，脾陽不足，寒濕生熱，上漬于口，可發口瘡。六是先天察賦不足，或久用寒涼，傷及脾腎，脾腎陽虛，陰寒內盛，寒濕上漬口舌，寒凝血淤，久致口舌生瘡。總之外感六淫燥火，內傷臟腑熱盛是致病主因，主病之臟在于心和脾(胃)。
