在女性患者中，經常有月經紊亂，其主要表現為月經量少或閉經，月經周期延長、縮短或變得毫無規律，5%~1O%的性高潮和性激動反應增強，15%的有輕度減弱。主訴陽痿或閉經的為常見，雖然約有4%的男性患者可發生陽痿，但發生機理尚不清楚，可能與心臟疾患、肝臟損害、肌病等并發癥有關。
一般只要控制好了甲亢引起的代謝紊亂，性功能改變就可以消除。甲亢病人的治療主要有藥物、同位素和手術三種，藥物治療是基礎治療，其他治療也必需先用藥物控制甲亢癥狀。約5O%的甲亢患者可用藥物治愈，但必須堅持足量、系統、堅持三個原則，至少堅持服藥一年半。不能因為癥狀消失，血中甲狀腺激素水平恢復正常，就認為甲亢已治愈。
同位素治療簡單易行，只需服藥一次，療效肯定，適用于4O歲以上、中度甲亢和甲狀腺腫大者。若病情較嚴重、開始即腫大明顯、甲狀腺在胸骨后或不愿堅持長期服藥且不適于做同位素治療者，則應考慮手術治療。這三種治療方法各有利弊，患者應根據個體情況，由醫生選擇，并遵照醫生囑咐進行治療。
術療
放射碘治療和手術治療 都屬于破壞性治療，甲亢不容易復發，治療只需要一次。放射碘適合甲狀腺中度腫大或甲亢復發的患者，醫生根據患者甲狀腺對放射碘治療圖冊的攝取率計算每個患者需要的放射劑量。
放射碘對孕婦和哺乳婦女是絕對禁忌證。由于放射碘的作用有一個延遲作用，隨著時間隨診，甲減發生率每年3%～5%。放射碘治療不適合有甲狀腺眼病的甲亢患者，因為治療后眼病可能會加劇。
手術治療適合那些甲狀腺腫大顯著，或高度懷疑甲狀腺惡性腫瘤的，或甲狀腺腫大有壓迫氣管引起呼吸困難者。手術前需要用藥物將甲狀腺功能控制在正常范圍，術前還需要口服復方碘溶液做術前準備。
藥療
西藥
抗甲狀腺藥物治療適應范圍廣，無論大人小孩，男性還是女性，輕癥或者重癥甲亢，首次發病還是甲亢復發，孕婦或哺乳女性甲亢都可以用藥物治療。
抗甲狀腺藥物有兩種——咪唑類和硫氧嘧啶類，代表藥物分別為甲巰咪唑(又稱“他巴唑”)和丙基硫氧嘧啶(又稱“丙嘧”)。
藥物治療適合甲亢孕婦、兒童、甲狀腺輕度腫大的患者，治療一般需要1～2年，治療中需要根據甲狀腺功能情況增減藥物劑量。
藥物治療有一些副作用，包括粒細胞減少、藥物過敏、肝功能受損、關節疼痛和血管炎，藥物治療初期需要嚴密監測藥物的副作用，尤其是粒細胞缺乏，需要告誡患者一旦出現發熱和/或咽痛，需要立即檢查粒細胞以便明確是否出現粒細胞缺乏，一旦出現。立即停藥急診。藥物治療另一個缺點是停藥后復發率高，大約在50%左右。
中成藥
治療甲亢的中成藥較多，是臨床醫生從不同角度對本病治療的經驗總結。
