指甲里有細小短黑線有點疼可能是甲母痣、甲下黑色素瘤等疾病，需要及時就醫，進行相關檢查以明確診斷。

甲母痣：是一種良性病變，但也有惡變的可能。通常表現為甲板上出現一條縱行的黑色條紋，寬窄不一，隨著指甲的生長逐漸向前推進。如果甲母痣出現顏色不均勻、寬度增加、邊緣不規則、疼痛等情況，可能是惡變的信號，需要及時就醫。

甲下黑色素瘤：是一種惡性腫瘤，多發生于老年人，好發于拇指和食指。通常表現為甲板下出現黑色或棕色的斑點，逐漸增大，可伴有疼痛、出血、感染等癥狀。如果懷疑是甲下黑色素瘤，需要進行病理檢查，以明確診斷。

其他原因：指甲受到外傷、感染、維生素缺乏等也可能導致指甲出現異常，但通常不會伴有疼痛。

總之，指甲里有細小短黑線有點疼，需要引起重視，及時就醫，進行相關檢查，以明確診斷。如果是甲母痣或甲下黑色素瘤，需要及時治療，以免延誤病情。