三個月大的嬰兒夜里總是哭鬧不止，原因包括周圍環境、嬰兒喂養、缺乏維生素D等，需依據具體情況選擇不同處理辦法。

一、檢查周圍環境與嬰兒衣服：

1.若周圍環境溫度過高，或嬰兒穿衣過多，會致使嬰兒出汗過多，進而讓嬰兒身體不適。此時需減少嬰兒衣服或降低屋內溫度。

2.也可能是嬰兒排尿排便后不舒服而哭鬧，這就需要及時更換尿不濕，并精心護理。

二、檢查嬰兒饑餓情況：

如果喂養不足或到了該喂奶時間，應及時給予喂養，并增加乳量。

三、檢查嬰兒維生素D缺乏情況：

因為維生素D缺乏會導致鈣吸收障礙，引起嬰兒神經系統過度興奮，從而造成嬰兒夜間哭鬧不止。這時必須及時補充維生素D。

總之，當三個月大的嬰兒夜里持續哭鬧時，要從多方面仔細排查原因，并采取相應的處理措施，以確保嬰兒的健康和舒適。