小腦萎縮的病因較為復雜，常見的原由于遺傳因素、神經退行性疾病、腦血管疾病、中毒以及感染等。

1.遺傳因素

部分小腦萎縮是由基因突變或家族遺傳導致的。例如，脊髓小腦性共濟失調、弗里德賴希共濟失調等疾病都具有明顯的遺傳傾向。

2.神經退行性疾病

這類疾病會引起小腦神經元逐步死亡，從而引起小腦萎縮。例如，多系統萎縮、帕金森病等都可能影響小腦的功能。

3.腦血管疾病

腦部血液循環障礙，如腦梗死、腦出血等，可能導致小腦缺血、缺氧，進而引發小腦萎縮。

4.中毒

某些藥物、重金屬、有機溶劑等中毒可能損害小腦神經元，導致小腦萎縮。

5.感染

腦炎、腦膜炎等感染性疾病，以及小腦灰質炎等病毒感染，都可能引發小腦炎癥，進而導致小腦萎縮。