慢性腹瀉根據發病機制可以分為分泌性腹瀉、滲透性腹瀉、炎癥性腹瀉等，不同類型的慢性腹瀉，病因存在差別。

1、分泌性腹瀉：如神經內分泌腫瘤產生的促分泌物以及其他致瀉物質導致膽酸吸收不良，影響肝腸循環，過量的膽酸進入結腸會刺激結腸黏膜分泌液增多引起腹瀉。其次，腸黏膜廣泛病變會導致腸上皮細胞水、電解質分泌增多，也會引起腹瀉。

2、滲透性腹瀉：當人體攝入不能吸收的溶質，如硫酸鎂、乳果糖、聚乙二醇等瀉藥或是攝入過多的糖分不能完全消化吸收時，會造成腸腔內滲透壓升高，引起腹瀉，常見于乳糖酶缺乏者。

3、炎癥性腹瀉：炎癥性病變會導致腸黏膜的完整性受到破壞，腸壁滲出大量的炎性物質會引起腹瀉。