多年直腸炎的治療方式有一般治療、藥物治療、手術治療等。

1、一般治療

患者日常飲食應保證低纖維素、高蛋白、高熱量，避免進食辛辣刺激、生冷的食物，避免飲酒。有慢性腹瀉癥狀的患者要注意保持肛周皮膚清潔，便后及時用溫水清洗。

2、藥物治療

如果是潰瘍性直腸炎，可以遵醫囑使用美沙拉嗪、地衣芽孢桿菌、英夫利昔單抗等藥物治療。感染性直腸炎可以遵醫囑使用抗生素類藥物治療，如青霉素類、頭孢菌素類、氟喹諾酮類等。嗜酸細胞性直腸炎可以使用抗組胺藥物、糖皮質激素、免疫調節劑等藥物治療。

3、手術治療

若患者病情較為嚴重，可以通過手術的方式處理，如全結直腸切除回腸儲袋肛管吻合術、直腸修補術等。