囊性暗區與孕囊的區別在于位置可能不同。囊性暗區也有可能是孕囊，孕5-6周檢查期間會提示宮腔內有囊性暗區，其中會有小的點狀胚芽或卵黃囊，若孕7-8周左右檢查未提及有胎心胎芽，較大的囊性暗區可能是假孕囊或胚胎停止發育。輸卵管、卵巢的囊性暗區多表示患有囊腫，可能是輸卵管囊腫、卵巢囊腫引起的，還有可能是生理性的卵巢黃體囊腫，同時不能排除單純性漿液性囊腺瘤的可能。孕囊主要在宮腔內，B超顯示多為圓形或橢圓形，宮體大小會明顯增加，且懷孕6-7周進行檢查，超聲結果會提示內有胚芽及原始心管搏動。