這兩種檢查最主要的區別在于其檢查部位，小腸鏡主要檢查機體小腸部位是否存在病變，檢查相對仔細，但檢查程序相對復雜，應積極配合醫生。腸鏡檢查較小腸鏡檢查范圍較大，其可檢查升結腸、降結腸等，檢查操作相對簡單。

嚴格意義上來講，腸鏡和結腸鏡是廣義和狹義的區別。腸鏡也就是統稱的腸道鏡子檢查，包括結腸鏡和小腸鏡檢查，其中電子結腸鏡檢查在臨床中應用最多，也最廣泛，可以通過它了解到大腸部分的病變情況。而小腸鏡操作比較復雜，難度也比較大，臨床應用較少。不管做何種腸鏡檢查，在此之前都需要進行腸道準備，在檢查前一天，需要進食流質飲食，并且檢查當天禁食，而且還需要進行瀉藥清腸。