因多為全身感染，故在糞便、血液、尿、痰以及淋巴結、肺、肝、胃腸粘膜、骨髓等活檢標本的涂片，培養均有結核菌的存在，在診斷上意義較大。
治療可用抗結核藥物。由于結核菌可以通過飛沫感染等方式向健康人擴散，對可疑并發結核病的AIDS患者應服用雷米封預防。
三、深部真菌感染癥
1.念珠菌病(Candidiasis)念珠菌感染是機會真菌癥中常見的一種。
在AIDS中顯得優為突出，除了合并皮膚、口腔淺部念珠菌感染外，還可引起食道念珠菌病。
可出現體重減少，倦怠感，非特異的消化系統癥狀主要有咽下困難，胸骨后疼痛。診斷可進行白色念珠菌分離。
AIDS早期診斷依據中，本癥占很重要的位置。治療，采用抗真菌劑，可使癥狀好轉，但易再發，顯示難治性。
2.隱球菌病(Cryptococcosis)AIDS患者合并隱球菌病的發病率為6%，以腦脊髓膜炎為多見。
亦可合并肺隱球菌病或隱球菌心外膜炎，臨床上主要表現為發熱、頭痛、倦怠感、羞明、精神狀態變化、痙攣等癥狀。
腦脊液檢查在診斷上很重要，蛋白、細胞數增加，髓壓升高，糖減少等。
四、原蟲、寄生蟲侵染
卡氏肺孢子蟲性肺炎(Pneumocytsis carinii pneumonia PCP卡氏肺炎)。卡氏肺孢子蟲是眾所周知的典型的機會感染的病原體之一。
一般在健康人的肺泡中也有寄生，但多為不顯性，也是人畜共患的一種疾病。
當其宿主免疫功能受某種原因使其減退時得以繁殖及發揮其病原性，在AIDS中由于免疫系統受到損害，而導致卡氏肺孢子蟲肺炎的發生。
