⑹德欽白茫雪山(白馬雪山)自然保護區：主要保護對象是生物林和珍稀動植物;
⑺高黎貢山自然保護區：主要保護對象是林區及珍稀動植物;
⑻哀牢山自然保護區：主要保護對象是原始亞熱帶中溫性常綠闊葉林及珍稀動植物。
②省級自然保護區
⑴麗江玉龍雪山自然保護區：主要保護對象是現代海洋性濕冰川、高山森林植被及珍稀動植物;
⑵中甸哈巴雪山自然保護區：主要保護對象是雪山現代冰川、高山針葉林及珍稀動植物;
⑶中甸碧塔海自然保護區：主要保護對象是高山湖泊及珍稀動物;
⑷怒江自然保護區：主要保護對象是涼溫性針葉林及珍稀動植物;
⑸寧蒗瀘沽湖自然保護區：主要保護對象是高山針葉林、高原湖泊景觀和裂腹魚等珍稀動植物;
⑹云龍天池自然保護區：主要保護對象是高山淺水湖、云南松原始森林和滇金絲猴等一類保護動物;
⑺無量山自然保護區：主要保護對象是同地垂直帶譜發育、地熱、亞熱帶森林、珍稀動植物;
⑻永德大雪山自然保護區：主要保護對象是暖性和暖熱性闊葉林及珍稀動植物;
⑼綠春黃連山自然保護區：主要保護對象是亞熱帶常綠闊葉林和珍稀動植物;
⑽金平五臺山分水嶺亞熱帶自然保護區：主要保護對象是闊葉林及珍稀動植物;
⑾景谷威遠江自然保護區：主要保護對象是原始森林及珍稀動植物;
⑿老君山自然保護區(文山縣、麻栗坡)：主要保護對象是南亞熱帶闊葉林及珍稀動植物;
⒀大圍山自然保護區：(河口、屏邊)主要保護對象是熱、亞熱帶森林及珍稀動植物;
⒁蒼源南滾河自然保護區：主要保護對象是熱帶雨林，是第一個以保護野生大象為主要目的的自然保護區;
⒂盈江銅壁關自然保護區：主要保護對象是多種原生植物珍稀動物;
③自然保護點(11)：納帕海、三江口、海子坪、藥山、駕山、普渡河、雕林山、小橋溝、萊陽河、龍山、十八連山。
