針灸治療
這時針灸醫療的應用非常普遍，很多腧穴及其療效已被證實， 更創作出新的應用手法。1331年由竇圭方出版的《針灸四書》是此期的代表。舉例書中論述之 腧穴鳩尾(見圖)，可應用于心悸、癲癇等。
與現代中醫針灸治療的指引相近。此外不只是中國人發展了針灸事業，蒙古人亦作出貢獻。傳統蒙古醫術如"蒙古灸"、刺血療法等也引入了中醫系統。
跌打創傷科
由于長期戰爭，蒙古族又崇尚騎射，造就了外傷科的發展。代表元代在外科學的成就，有齊德之于1335年撰《外科精義》一書。此書共兩卷，上卷描寫外科治療小手術，特別是皮膚科治療方面，下卷載湯、丸、膏、丹等方劑。
他的其中一個創新是用光合療法治療皮膚病。另外，對外科疾病的病因、病機及診斷方面，又提出新的觀點。
與齊德之同時期，還有危亦林撰于1337年的《世醫得效方》。此書充分表現了危亦林在骨科上的高超技巧，他精于骨折及骨關節脫位整復與固定。書中記載之麻醉藥如蔓陀羅、烏頭等的應用亦是先例。
危亦林是應用脊椎骨折懸吊復位術的先驅者;相對西醫學方面，要直到1927年，英國醫生達維斯才提出此法。
元代皇家廚師忽思慧，于1330年撰《飲膳正要》一書。從健康人的實際飲食需要出發，以正常人膳食標準立論，制定了一般飲食衛生法則。圖文并茂，為中國第一部完整的飲食衛生與食治療法的專書。
也是一部古代有價值的食譜。他特別提倡中庸之道，認為飲食要平均配合，不可過量。書中列出230種五谷類、肉類、魚類水產及生果疏菜等食品，并確實其營養價值。如對狗肉的描寫有："犬肉味咸、溫和無毒、安五臟………。"
其他重要貢獻
金元時期，其他貢獻還有兒科醫師曾世榮于1294年著的《活幼心書》。
