隨著現代解剖學的完善和深入，藏象學說與人體的客觀形態結構形成了越來越尖銳的矛盾。為了掩蓋中醫的根本性缺陷，現代中醫聲稱中醫的臟腑不是解剖學的實體器官，而是功能性為主的綜合概念。這個觀點實際上否定了中醫曾經有過粗淺的解剖觀察，不承認中醫初的解剖學實踐，是真正的數典忘祖。

　　中醫歷史上真正的解剖學研究始于清代醫生王清任(公元1768-1831)，王清任感嘆道：“業醫診病，當先明臟腑”、“本源一錯，萬慮皆失”、“著書不明臟腑, 豈不是癡人說夢”、“治病不明臟腑，何異盲子夜行”。王清任多次在墳場和刑場觀察尸體，獲得了一些解剖學知識，并著成《醫林改錯》一書。

　　雖然王清任的解剖學成就還遠不如1500年前的蓋倫，但他尖銳地指出了“古人錯論臟腑，皆由未嘗親見”，顯示出以客觀事實為依據的探索精神。《醫林改錯》揭示了中醫在解剖學上的欠缺和錯誤，勇敢地挑戰了《黃帝內經》和《傷寒雜病論》等經典理論。遺憾的是，王清任有理有據的客觀觀察被當時的主流中醫體系堅決地排斥了，以陳念祖和陸九芝為代表的所謂“儒醫”視人體解剖實踐為異端邪說和左道旁門，咒罵王清任“不仁”、“狂徒”、“邪人”。

　　王清任一個簡單的解剖觀察就足以顛覆千年以來中醫“司外揣內”、“以表知里”得出的錯誤觀點，從而使整個中醫理論體系崩潰，這是王清任的觀點不被接受的原因。頑固的保守勢力出于自身利益無情地扼殺了王清任推動中醫向前發展的可貴探索。

　　由于完全背離了客觀事實，中醫理論被迫采取了封閉的形式來維護自己。時至今日，中醫仍然拒絕一切科學標準和客觀事實的檢驗，甚至不容任何質疑。因為中醫支持者們很清楚，中醫只是一個虛幻的高樓，只要證明了其中一塊磚不存在，就等于所有的磚都不存在，整個高樓也就不存在了。假如承認了中醫對腎的描述和理解是錯誤的，那么五臟六腑又有哪個不是錯誤的?陰陽五行、藏象經絡、病因病機、辨證施治、理法方藥等一系列理論瞬間就灰飛煙滅了。

　　令人驚異的是，沒有解剖學基礎的中醫居然能臆想出一整套牽強附會的理論來維護自己的虛無;更加奇特的是，這樣的“醫學”至今還受到憲法、法規和行政的庇護，與現代醫學并列于中國的醫療體系中。