當然，我們不必苛求張仲景具有微生物的概念。但是，今天的中醫在確鑿的事實面前仍然拒不接受微生物學，頑固而又愚昧地用風、寒、暑、濕、燥、火等六淫外感之邪來解釋傳染病的病因，盡顯其反科學和偽科學的丑惡嘴臉。用這種完全錯誤的理論去治療傳染病，近2000年一無所獲，只留下“千村薜荔人遺矢，萬戶蕭疏鬼唱歌”的悲慘景象。明代吳有性在《瘟疫論》中曾大膽猜測“溫疫之為病，非風、非寒、非暑、非濕，乃天地間別有一種異氣所感”，并指出“瘟疫之邪”自口鼻而入。他這種敢于突破古人思維禁錮的創造性思想徹底否定了張仲景的錯誤理論，如果他有一臺顯微鏡，很可能會早于列文虎克發現微生物。然而，吳有性的創新觀點被食古不化的主流中醫無情地排斥和打壓，錯失了在傳染病研究上取得突破的機會。

　　《傷寒論》對于傳染病病因的認識在根本上是錯誤的，那么，在病理生理上的描述又如何呢?

　　三、傷寒病理邪說

　　法定傳染病共39種，包括在歷史上肆虐橫行的如鼠疫、霍亂、瘧疾、天花、流行性出血熱等，《傷寒論》把這些外感熱病統稱之為傷寒。這幾種可怕瘟疫的病原體分別是鼠疫桿菌、霍亂弧菌、瘧原蟲、天花病毒和漢坦病毒，既有細菌也有病毒和原蟲，而《傷寒論》把這些可怕的微生物籠統“黑箱”為風寒之邪。幾十種傳染病的病原、侵襲途徑、病理各異，但在張仲景看來卻很簡單：自然界之風之寒，吹拂于人體，其衣厚者無恙，衣薄者易病，如此而已。

　　《傷寒論》把傳染病也即外感熱病歸納為六經病(太陽、陽明、少陽、太陰、少陰、厥陰)，無論何種外邪，都是自肌表，循六經，入臟腑，每一步都經歷正邪交戰。比如張仲景認為：風寒之邪，侵襲肌表，首當其沖者為太陽經，這叫太陽病經證(又分為中風、傷寒、溫病三種);若邪在太陽經不解而內傳于膀胱或大腸，其所引起的病變叫太陽腑證(分蓄水和蓄血二證);外邪進一步內侵，入里化熱，成陽明病等。這看起來很有道理，實際上也是源于取類比象思維，仿佛攻城戰，從城墻，循巷道，達首府，擋得住則勝王，擋不住則敗寇。

　　中醫理論因為類比讓人一聽就覺得很好理解，它的迷惑性也在這里，如果不站在現代醫學的高度以客觀事實為依據是很難批判中醫的。現代醫學有確鑿證據表明，不同的傳染病有不同的傳播傳入途徑，而不是遵循共同途徑;“外邪”(病原微生物)侵入人體后致病的機制也各不相同。