少數嚴重的沙眼可引起很多嚴重的后遺癥與并發癥，如瞼內翻及倒睫、瞼球粘連、慢性淚囊炎、實質性結膜干燥癥、角膜潰瘍等，此時則出現明顯刺激癥狀，視力也可不同程度地受損。
典型的沙眼在臨床上容易診斷，輕型早期病例則較困難，易與其他結膜病相混淆，因為乳頭濾泡并不是沙眼的特異性改變。
1979年中華醫學會眼科學會決定，沙眼的診斷依據為：
①上穹窿部和上瞼結膜血管模糊充血，乳頭增生或濾泡形成，或二者兼有。
②用放大鏡或裂隙燈角膜顯微鏡檢查可見角膜血管翳。
③上穹窿部和上瞼結膜出現瘢痕。
④結膜刮片找到沙眼包涵體。在第一項的基礎上，兼有其他三項中之一者可以診斷為沙眼。
