孩子打完疫苗后晚上發燒39°C，可先觀察，如無異常可物理降溫并補充水分；如持續不降或升高、出現其他不適，應及時就醫，同時告知醫生接種疫苗情況。

1.觀察癥狀：注意觀察孩子的精神狀態、呼吸是否急促、有無抽搐等異常表現。如果出現這些癥狀，應立即就醫。

2.物理降溫：用溫水擦拭手心、腋窩、腹股溝等部位，或使用退熱貼。但要注意避免過度保暖，保持室內通風。

3.補充水分：多喝水，以補充因發熱導致的水分流失。

4.注意休息：讓孩子多休息，避免劇烈運動。

5.及時就醫：如果孩子的體溫持續不降或升高，或出現其他不適癥狀，應及時就醫。醫生會根據具體情況進行診斷和治療。

6.告知醫生接種疫苗情況：在就醫時，應告知醫生孩子接種疫苗的情況，以便醫生做出更準確的診斷和治療。

需要注意的是，3個月以下的嬰兒發燒，應及時就醫。此外，接種疫苗后，要注意觀察孩子的反應，如有異常，應及時咨詢醫生。