剖腹產藥流是否能流干凈取決于胚胎大小、子宮位置等多種因素。

一、胚胎大小方面。一般來說，如果懷孕的胚胎小于49天，那么相對流干凈的幾率會較大一些。因為較小的胚胎在藥流過程中，更易于通過藥物作用被排出體外。

二、子宮位置方面。如果子宮的位置正常，不是后傾或前傾，這種情況下藥流相對容易流干凈。然而，要是子宮位置不佳，比如后傾或前傾，當服用藥物后，可能無法很好地使胚胎組織順利流出，這樣發生殘留的機會就會增多。

所以，臨床上有規定，藥流一般不能超過49天，而且對于子宮位置特別異常的女性，是不建議進行藥物流產的，這類患者最好選擇人工流產。因為人工流產發生殘留的概率非常低，大部分人都能一次流干凈，這樣也能減少手術之后陰道出血的時間。

總之，剖腹產藥流能否流干凈需綜合考慮多方面因素，尤其要關注胚胎大小和子宮位置，以便選擇更合適的流產方式，降低殘留風險。