指甲凹凸不平有小坑可能由多種因素導致，比如灰指甲、皮癬、營養不良等。

一、灰指甲：若患者指甲受到皮膚癬菌如紅色毛癬菌、須癬毛癬菌等感染，就可能出現指甲凹凸不平、易脆以及變黃等狀況。主要是因為這些病菌侵襲指甲，破壞指甲的正常結構和生長，從而引發一系列異常表現。

二、皮癬：當患者患有銀屑病時，可能致使指甲的甲板產生凹陷，呈現不規則分布且有甲凹點等情形。這是由于銀屑病這種疾病對指甲產生了不良影響。

三、營養不良：如果患者存在營養不良問題，比如身體缺少維生素A或是鉀元素、鋅元素等，都有可能導致指甲出現變厚、渾濁以及粗糙等癥狀。這是因為這些營養物質對于指甲的健康生長起著重要作用，缺乏它們就會使指甲出現相應的異常。

總之，對于指甲出現凹凸不平有小坑的患者，建議及時就醫，以便明確病因并進行針對性治療。