亞急性甲狀腺炎的具體病因尚不明確，可能與病毒感染、自身免疫反應、遺傳因素、應激和碘攝入增加等多種因素有關。

1.病毒感染

可繼發于流行性感冒、麻疹、病毒性肝炎、腮腺炎等病毒感染，約占亞急性甲狀腺炎發病原因的50%~70%。

2.自身免疫反應

亞急性甲狀腺炎患者血清中常有高滴度的TRAb、TPOAb和TGAb升高，此外，患者的甲狀腺自身抗體滴度明顯高于健康對照人群。

3.遺傳因素

部分亞急性甲狀腺炎患者有家族史，同卵雙生子先后或同時發生亞急性甲狀腺炎的現象也時有報道，提示本病與遺傳因素有關。

4.應激

大手術、急性心肌梗死、精神刺激、病毒感染等應激狀態可能與亞急性甲狀腺炎的發病有關。

5.碘攝入增加

碘攝入量增加可能會導致亞急性甲狀腺炎的發生或加重病情。

總之，亞急性甲狀腺炎的病因尚不完全清楚，可能與病毒感染、自身免疫反應、遺傳因素、應激和碘攝入增加等多種因素有關。