巧克力囊腫大于五厘米時，能否等待幾個月后再做手術，需綜合考慮癥狀嚴重程度、生育需求、囊腫增長速度和個人意愿等因素，應與醫生充分溝通，選擇最適合的治療方案。

1.癥狀嚴重程度：如果患者目前存在嚴重的痛經、性交痛、月經異常等癥狀，或者囊腫已經引起了明顯的壓迫癥狀，如尿頻、尿急、便秘等，應盡快手術，以緩解癥狀。

2.生育需求：如果患者有生育需求，應盡快手術，因為巧克力囊腫可能會影響卵巢功能和受孕機會。

3.囊腫增長速度：醫生會密切監測囊腫的增長速度，如果囊腫在短時間內迅速增大，或者出現惡變的跡象，應立即手術。

4.個人意愿：患者的個人意愿也是一個重要因素，如果患者對手術的風險和恢復期有顧慮，或者有其他緊急情況需要先處理，可以與醫生溝通，商討更適合的治療方案。

需要注意的是，巧克力囊腫是一種良性疾病，但如果不及時治療，可能會逐漸加重，甚至引起惡變。因此，患者應遵循醫生的建議，及時進行治療。