亞急性心內膜炎的治療關鍵在于及早且足量地選用抗生素。在選擇抗生素時要依據致病菌培養結果或對抗生素的敏感性，其基本原則包括：一、選用殺菌劑，例如青霉素、鏈霉素、先鋒霉素、萬古霉素等；二、劑量要大；三、療程要足夠，一般需4至6周，對于對抗生素敏感性差的細菌或有并發癥的頑固病例可延長至8周；四、盡早進行治療。以下情況則需考慮手術治療：1.瓣膜穿孔、破裂，腱索離斷，引發難治性急性心力衰竭；2.人工瓣膜置換術后感染，內科治療難以控制；3.并發細菌性動脈瘤破裂或四肢大動脈栓塞；4.先天性心臟病發生感染性心內膜炎，經過系統治療仍無法控制時，手術應在加強支持療法和抗生素控制下盡早實施。

亞急性心內膜炎治療要早用、足量用抗生素，根據相關原則選藥，出現特定嚴重情況需手術治療。