三叉神經痛病根位于三叉神經半月節及其感覺神經根內，一般情況下和血管壓迫、神經脫髓鞘、病毒感染等因素有關。

1.血管壓迫

血管的搏動直接刺激三叉神經根，或引起神經纖維的變形，導致神經傳導異常，從而引起三叉神經痛。

2.神經脫髓鞘

三叉神經感覺根或半月節內多種原因引起的神經脫髓鞘病變可能是三叉神經痛的主要原因之一。臨床上認為三叉神經痛可能與機體的自身免疫反應有關，自身免疫性炎癥導致神經髓鞘破壞，進而引起疼痛。

3.病毒感染

帶狀皰疹病毒感染后，可潛伏在三叉神經節內，當機體免疫力下降時，病毒可再次激活，導致三叉神經痛。

綜上所述，三叉神經痛的病根可能是多種因素綜合作用的結果。對于三叉神經痛患者，早期診斷和治療非常重要。