接種新冠疫苗第二針后更疼的原因主要有個體差異、疫苗種類、接種技術和免疫反應等。

1.個體差異：不同人的痛覺敏感度不同，對疫苗的反應也會有所差異。

2.疫苗種類：目前市面上有多種新冠疫苗，不同種類的疫苗接種后可能會有不同的疼痛程度。

3.接種技術：接種疫苗的技術也會影響疼痛程度，如接種部位、進針速度等。

4.免疫反應：接種疫苗后，身體會產生免疫反應，可能會引起局部疼痛、腫脹等不適癥狀。

需要注意的是，這些不適癥狀通常是暫時的，會在幾天內自行緩解。如果疼痛癥狀持續時間較長或伴有其他不適，應及時就醫。同時，接種疫苗是預防新冠病毒感染的有效措施，建議符合條件的人群及時接種疫苗。