角膜交聯術是目前常用于治療圓錐角膜的手術方式，其主要的副作用和危害包括以下幾點：

一、術后會有顯著疼痛，因為角膜交聯手術中需刮除角膜上皮，這會在術后早期尤其是三天內導致明顯的眼部疼痛，不過隨著角膜上皮的修復，疼痛會逐漸減輕直至消失；

二、存在眼部感染風險，術后早期角膜缺少上皮保護時，特別容易發生感染；

三、可能引發病毒性角膜炎復發，角膜交聯術有可能激活潛伏在角膜神經纖維中的病毒，進而導致病毒性角膜炎復發，所以有病毒性角膜炎病史的患者禁止進行角膜交聯術；

四、會導致干眼癥，角膜交聯術后角膜上皮的健康會受到一定影響，短期內會引起眼睛干澀，但通常在三個月左右可恢復。

角膜交聯術在治療圓錐角膜方面較為常用，但存在術后疼痛、眼部感染、病毒性角膜炎復發以及引發干眼癥等副作用和危害，需引起重視。