膝關節蹲下起來疼痛的原因主要包括骨性關節炎和軟組織損傷等，患者應及時就醫并對癥治療，治療方式通常有藥物、手術等。具體如下：

一、骨性關節炎：

1.病因：往往是因長時間從事體力勞動或長時間行走等，致使膝關節過度勞損，關節軟骨被磨損，間隙變窄，進而引發疼痛。在蹲下時，可能會對關節形成刺激，從而出現疼痛癥狀。

2.治療：可在醫生指導下，使用塞來昔布、雙氯芬酸鈉等藥物來緩解和治療。

二、軟組織損傷：

1.情況：膝關節內外側半月板中，只要任何一個半月板后角出現損傷，都有可能使關節屈曲受到影響，導致膝關節蹲下起來時疼痛。

2.治療：需要在醫生指導下，通過鏡下半月板手術來進行緩解和治療。

總之，當膝關節出現蹲下起來疼痛時，要明確具體原因，然后采取針對性的治療措施。