肺癌微創手術的副作用主要包括以下幾方面：

一、長期慢性疼痛和咳嗽

1.疼痛通常會持續3個月內，通過對癥應用藥物處理能夠逐漸緩解。

2.咳嗽一般在3個月到半年也能慢慢緩解甚至消失。

二、呼吸功能不全

1.這會依據病情、疾病程度、切除肺組織大小以及患者個體差異而有所不同，肺功能狀況有好有差，恢復起來比較困難。

三、其他并發癥

1.微創手術可能會遭遇肺部感染、呼吸功能不全、膿胸、長期肺部漏氣、術后二次開胸止血等情況。

2.還可能引發其他系統疾病，比如心臟心源性疾病，出現房顫、冠心病等；下肢深靜脈血栓脫落可導致肺栓塞等嚴重并發癥。此外，甚至可能出現惡性腫瘤遠期復發或轉移。

總之，肺癌微創手術雖然具有一定優勢，但也存在多種副作用和潛在風險，需要密切關注和及時處理。