先天性膽總管囊腫是一種先天性膽道囊性擴張癥，其發生原因主要包括膽總管遠端梗阻及膽管壁薄弱、胰膽管共同通道過長、病毒感染等。

1.膽總管遠端梗阻及膽管壁薄弱

這是導致先天性膽總管囊腫的主要原因。膽總管遠端梗阻會引起膽汁流通不暢，加之膽管壁薄弱，使得囊腫更易形成。

2.胰膽管共同通道過長

正常胰膽管共同通道較短，若過長可能導致膽汁流通受阻，進而引發囊腫。

3.病毒感染

感染某些病毒，如乙型肝炎病毒、巨細胞病毒等，可能引起膽管腔阻塞或管壁變薄，從而誘發囊腫。