陰莖短小是指小陰莖，寶寶小陰莖的原因是睪酮水平低下、先天畸形、染色體異常等，具體分析如下：

1、睪酮水平低下

若寶寶存在睪丸下降不全、睪丸缺如等情況，造成睪酮水平低下，導致陰莖發育不全，易引起寶寶小陰莖。

2、先天畸形

由于寶寶在胚胎時期生殖系統發育不全，如睪丸發育不良、兩性畸形、雙側隱睪等，因此可伴隨小陰莖。

3、染色體異常

由于寶寶本身患有多染色體畸形、Klinefelter綜合征、多X綜合征等疾病，較易出現小陰莖。