微創頭部鉆孔有一定風險，但相對于開顱手術風險更低，如果手術過程中誤傷腦組織，會增加危險。

頭部鉆孔微創手術一般為腦鉆孔引流術，手術級別多為一級或者二級手術，難度不高，危險性較低。常用于引流腦部的血腫，主要包括慢性硬膜外血腫、慢性硬膜下血腫等。也可以治療腦室出血、蛛網膜下腔出血、梗阻性腦積水、腦室炎等，引流血性或者炎性腦脊液，控制顱內壓升高。

若是側腦室鉆孔引流術，穿刺過程中可能會刺破皮層，導致皮層出血，比較危險。如果手術過程中操作不當誤傷患者的腦實質，可能導致患者出現癲癇、偏癱、肢體感覺障礙、失語、視力減退等癥狀。