腦積水的主要原因是腦脊液的分泌、循環或吸收過程出現障礙，導致腦脊液在腦室或蛛網膜下腔過多積聚。

腦脊液是腦內正常存在的一種清亮無色透明的液體，在腦和脊髓表面循環流動，對腦和脊髓具有營養和支持作用。當腦脊液的產生和吸收平衡被打破時，就會出現腦積水。具體原因可能包含顱內炎癥、腦血管畸形、腦外傷、各種內源性或外源性神經毒素、缺氧、水和電解質紊亂、酸中毒、肝腎功能衰竭等。除此之外，腦積水也可能是由于先天性發育異常所致，如導水管狹窄、正中孔或側孔閉鎖等。