低位保肛術后3年排便困難，可能是由于神經損傷、吻合口狹窄等原因引起的。

1.神經損傷

低位保肛術通常用于治療直腸癌患者，當腫瘤距離肛門較遠，且腫瘤細胞輕微浸潤肛門周圍組織時，可以考慮采用該手術。然而，在手術過程中，為了清掃淋巴結，可能會損傷周圍神經，從而導致排便困難的癥狀出現。

2.吻合口狹窄

吻合口血運障礙、感染或攣縮等因素，都可能導致創面愈合后肛管狹窄。這種情況下，糞便在腸腔內的通過會受到阻礙，從而出現排便障礙的癥狀。

如果患者長時間存在排便困難的問題，建議及時前往醫院就診。在專業醫生的指導下，可以選擇合適的治療方案，以避免病情進一步惡化。