在多數情況下，益生菌對腸道的刺激較小，被視為一種相對安全且有效的藥物。其主要功能是調節腸道菌群平衡，常用于治療因菌群紊亂引發的腹瀉。目前，市場上存在多種益生菌，例如乳酸菌、雙歧桿菌和枯草芽孢桿菌等。

慢性胃炎或胃潰瘍患者，建議在飯后服用益生菌，因為空腹服用可能會刺激胃黏膜，加重胃黏膜損傷。對于腸道功能嚴重失調的患者，益生菌在與致病菌相互作用的過程中，可能會導致腸道功能紊亂進一步惡化。此外，免疫力低下以及重癥患者使用益生菌可能會導致腸道感染，進而引發膿毒血癥或菌血癥等嚴重疾病。對益生菌過敏的人群應禁止使用，兒童在使用益生菌時，應咨詢醫師的建議，并在成人的監護下使用。

同時，益生菌與抗酸藥或抗菌藥同時服用時可能會減弱彼此的效果，因此建議間隔三小時分開服用。