腘窩囊腫可能是由于先天性因素、慢性無菌性炎癥、慢性膝關節病變等原因引起的。

1、先天性因素

膝關節部位存在水平裂隙樣結構，隨著年齡的增長，裂隙的部位可能也會隨之增長，此時如果膝關節部位的關節腔中存在異常壓力，會導致關節液從裂隙中流出，從而導致滑囊增大，出現腘窩囊腫。

2、慢性無菌性炎癥

膝蓋滑膜的位置比較淺表，容易發生損傷和感染的情況，當膝關節部位的滑膜出現慢性無菌性炎癥時，也可導致腘窩囊腫的現象出現。

3、慢性膝關節病變

當膝關節部位發生半月板損傷、骨性關節炎等情況時，也可導致關節腔內的壓力上升，從而導致腘窩囊腫發生。