寶寶三個月晚上不睡覺應根據具體的原因處理和治療，如生理因素、腸脹氣、缺鈣等。

1、生理因素

如果是環境過熱、饑餓或者尿濕等因素引起晚上不睡覺，應該及時調整環境溫度、選擇合適厚度的被褥、按需喂養、及時更換尿不濕等，可以改善寶寶的睡眠狀態。

2、腸脹氣

如果是腸脹氣引起，可以適當按摩腹部。母乳喂養的寶媽不要吃油膩和產氣的食物，有一定的改善作用。

3、缺鈣

如果經過檢查發現寶寶缺鈣，母乳媽媽需要增加飲食營養，多吃富含鈣和維生素的食物；必要時可以在醫生的指導下使用維生素D、乳酸鈣或葡萄糖酸鈣等藥物治療。