灌注化療的副作用小于全身化療，通常有局部刺激征、血細胞異常、免疫力下降的不良反應。

1.局部刺激征：灌注化療包括膀胱灌注化療、腹腔灌注化療、胸腔灌注化療等多種方式，如對膀胱灌注化療，會因化療藥物刺激膀胱，引起尿急、尿頻、尿痛等膀胱刺激征，如對胸腔灌注化療，可引起胸悶、胸痛等胸膜反應。如對腹腔灌注化療，可因藥物刺激腸胃，使腸胃蠕動減慢，出現食欲下降、消化不良、腹瀉、便秘、腹瀉與便秘交替發生等腸胃不適癥狀。

2.血細胞異常：雖然局部灌注化療的副作用要小于全身化療，但應用化療藥物也會損傷血細胞，導致白細胞、血紅蛋白、血小板指數下降。

3.免疫力下降：化療藥物在殺死癌細胞時，還會對正常細胞造成損害，從而導致免疫力下降，灌注化療時出現感染的幾率較大。