扁桃體發炎脖子疼可能是由咽喉炎、流感、鏈球菌感染等原因引起的，詳情如下：

1.咽喉炎

咽喉炎是由細菌或病毒感染引起的喉嚨和扁桃體部位的炎癥。扁桃體發炎是其中的常見癥狀之一，同時伴隨著喉嚨疼痛、吞咽困難、聲音嘶啞等。病毒性咽喉炎通常會自行緩解，而細菌性咽喉炎則需要使用抗生素治療。

2.流感

流感是由流感病毒引起的呼吸道疾病。除了發熱、咳嗽、頭痛等典型癥狀外，扁桃體發炎也是其常見表現之一。流感病毒會導致呼吸道黏膜炎癥，引起扁桃體腫脹，進而導致脖子疼痛。

3.鏈球菌感染

鏈球菌感染是由鏈球菌引起的喉嚨和扁桃體部位的細菌感染。其癥狀與咽喉炎相似，但更強調扁桃體腫脹、膿包形成等癥狀。此外，鏈球菌感染還可能引起高熱、頭痛、嘔吐等癥狀。

除以上相對常見的原因之外，還有其他可能的原因，比如扁桃體結石、過敏反應等。如果癥狀持續或加重，建議及時就醫。