小腦萎縮的原因包括生理性原因與病理性原因。

生理性原因是隨著機體年齡的增長，腦細胞會出現普遍的萎縮，進而導致腦細胞數量減少，腦體積減小，出現小腦萎縮的現象。這是正常的生理現象，是無法緩解的。

病理性原因包括遺傳性共濟失調、藥物中毒、炎癥性疾病、副腫瘤綜合征等。遺傳性共濟失調是患者肢體平衡感差，步態不穩，患者無法行走，需要依靠輪椅，之后出現小腦萎縮。對于一氧化碳中毒、苯妥英鈉等藥物中毒的患者會導致小腦萎縮。對于急性小腦炎患者，后遺癥會出現小腦萎縮。

小腦萎縮的患者目前沒有特異性治療，對出現并發癥時需要進行對癥處理。