藥物流產沒有流干凈的處理方法通常包括一般治療、藥物治療、手術治療等，具體分析如下：

1.一般治療

若患者大部分的孕囊已經被排出體外，僅有少量的殘留，并且出血量非常少，沒有其他的不適癥狀，一般不需要特殊處理，下次月經來潮時會自行排出。

2.藥物治療

若患者可按照醫生的指示，再次應用益母草顆粒、新生化顆粒、米非司酮片等藥物，促進子宮收縮，幫助殘留物排出。

3.手術治療

若殘留量較多，則需要通過刮宮手術、負壓吸引術等手術方法清除子宮內的殘留組織。