膽道梗阻的治療應根據引起梗阻的原因和病情對癥治療，情況不同，治療的重點不一樣。

膽石癥及膽道感染引起的膽道梗阻，治療方法為，抗感染的基礎上手術取石，主要的治療目的是取凈結石，防止膽囊炎的復發，手術的方式則包括了微創的腹腔鏡手術和開腹手術。如果膽道感染更加嚴重，如急性梗阻性化膿性膽管炎，起病快，癥狀重，治療目的為快速解除梗阻，減輕膽道壓力，而不是取凈結石，防止復發。具體治療方法包括膽管切開引流，或內鏡鼻導管引流等。如果是腫瘤引起的膽道梗阻，首選的治療方案是根治性手術切除腫瘤，解除壓迫。如果為發展至晚期的惡性腫瘤，此時已無法行根治性手術，可以進行膽管引流來解除膽道梗阻，具體方法為經皮膚肝臟穿刺膽管引流，和經內鏡逆行性膽管造影，根據梗阻部位不同，選擇的方法不一樣。