真菌性角膜炎的治療方法主要是藥物治療。如果真菌性角膜炎癥狀不是很嚴重，可以使用多烯類眼藥水、咪唑類眼藥水以及嘧啶類眼藥水進行治療。如果真菌性角膜炎癥狀比較嚴重，局部用藥治療效果不佳，建議聯合全身使用抗真菌藥物進行治療，如口服伏立康唑、氟康唑、伊曲康唑、酮康唑或者是靜脈輸入伏立康唑、氟康唑、咪康唑等。注意遵醫囑用藥，不能自行用藥。